Observe que rsync -a também não preserva ACLs, atributos estendidos, links físicos (como já foi observado), dispersão.
Com o GNU cp pelo menos
cp -a
Preserva tudo o que isso faz mais do que rsync . Um equivalente de rsync mais próximo seria
rsync -aAHX
Eu não acho que o rsync possa replicar a dispersão, mas você pode usar --sparse para que as seqüências de NULs (sejam elas alocadas ou furadas) se transformem em falhas no destino.
Observe que a opção (não padrão) -a de cp implica -r . -l (outra opção não padrão), assumindo que o GNU cp não faça o que você deseja. Faz links físicos ao invés de copiar arquivos.