Você pode descobrir quais arquivos estão sendo pesquisados rastreando quais arquivos o bash é aberto:
strace -e open bash -l
Isso deve imprimir todos os arquivos que o bash tenta abrir (muitos dos quais são bibliotecas C que você pode usar). Isso deve lhe dar dicas sobre onde procurar. (A opção "-l" para o bash pede que ele seja executado como um shell "login", que geralmente faz com que o bash analise mais alguns arquivos de inicialização.)