Você tentou a configuração da opção dconf-editor descrita aqui ?
No seu caso, você deixaria as fontes como estão. E mude as opções do xkb para:
['ctrl:swapcaps']
[Deve ser um comentário - não tem 'reputação' por isso :-)]
Estou executando o Ubuntu 14.04 de 64 bits e quero trocar meu caps lock e a chave de controle. Eu corro setxkbmap -option ctrl:swapcaps e funcionou. Mas depois da reinicialização, ele volta ao que costumava ser: caps lock é caps lock, controle é controle. Eu também tentei usar o gnome-tweak-tool e o método aqui