Usar --prefix=~/.local instalará o programa em ~/.local e subdiretórios ( ~/.local/bin , ~/.local/share etc.); Se você quiser entrar em ~/.local/gnuplot , terá que especificar --prefix=~/.local/gnuplot na íntegra.
Além disso, você não deve se deparar com questões de dependência, todas as dependências de compilação necessárias estão disponíveis no Debian 9. apt build-dep gnuplot irá instalá-las para você (como definido no Debian 9, mas o gnuplot build- dependências definidas também são suficientes para a versão mais recente).