A exportação do EPS não executa o LaTeX, portanto, os rótulos são interpretados como texto simples.
Execute fig2dev
para acessar o LaTeX:
fig2dev -Lpstex myfigure.fig >myfigure.pstex
fig2dev -Lpstex_t myfigure.pstex >myfigure.pstex_t
Em seguida, inclua a figura em um documento (La) TeX.
\documentclass{minimal}
\usepackage{graphics}
\begin{document}
\input{myfigure.pstex_t}
\end{document}