Primeiro, observe que a maioria das janelas e janelas em primeiro plano com foco no teclado não são a mesma coisa. Eles são para o Windows do Mircosoft e para muitos gerenciadores de janelas, mas não necessariamente. Por exemplo, o KDE pode gerenciar essas duas propriedades separadamente.
Agora, sobre a sua pergunta, como o ponto acima, dependerá do gerenciador de janelas. No Kde existem configurações que permitem controlar o foco do teclado, mesmo configurando isso depende da aplicação (mas ainda faz parte do gerenciador de janelas). imagem mostrada como fazer o oposto (ajuste aceite o foco ao sim para fazer o que você está pedindo). Eu testei isso configurado para um aplicativo.
Não misture o papel de gerenciador de janelas, lançador, etc. Tanto o KDE, o Gnome, o LXDE e outros fazem tudo isso. O gerenciador de janelas gerencia quais janelas estão onde, o tamanho, o tempo em que estão minimizados, qual está por trás do qual, que tem o foco do teclado. O aplicativo também pode controlar isso, e assim pode outro aplicativo, mas, finalmente, é o processo que está registrado como o gerenciador de janelas, que está no comando. Ele pode impedir que outros processos façam essas coisas, e decide onde uma janela é mapeada e o clima fica com o foco do teclado, quando mapeado pela primeira vez (ou nunca). A única parte visível do gerenciador de janelas é a barra de título (+ fechar, maximizar, minimizar ícones etc.) de todas as outras janelas.