Substitua o espaço e os dois pontos ao mesmo tempo usando um regex ligeiramente maior.
find . -type f -exec stat -c%n.%y {} \; |
sed 's/ \(..\):\(..\):\(..\).\{16\}$/-../'
O espaço antes do 24º caractere do final é correspondido, então combinamos e capturamos os próximos 2 caracteres, uma vírgula, os próximos 2, uma comra e outros 2; então, os últimos 16 são correspondidos e substituídos por nada. A primeira expressão capturada pode ser recuperada usando uma referência de referência (a segunda com
, etc). Em outras palavras, os dois dígitos após o espaço são "substituídos" por eles mesmos, ou seja, efetivamente retidos, seguidos por um ponto, os dois seguintes, etc.