Diga ao AWK para aceitar linhas que começam com #
, bem como linhas não duplicadas:
awk '/^#/ || !a[$0]++' /etc/fstab > /etc/fstab.new
Se você quiser evitar fazer isso se não houver linhas duplicadas (por seus comentários), você pode usar algo como
if awk '!/#^/ && a[$0]++ { dup = 1 }; END { exit !dup }' /etc/fstab; then
awk '/^#/ || !a[$0]++' /etc/fstab > /etc/fstab.new
copy /etc/fstab.new /etc/fstab
fi
mas isso termina o trabalho duas vezes com eficácia.