Aqui está o que man rmdir
diz:
--ignore-fail-on-non-empty
ignore each failure that is solely because a directory is non-empty
i.e. uma falha ao remover um diretório devido a algum outro erro outro , além de estar vazio, ainda será relatada.
E como usuários comuns normalmente não têm permissões suficientes para modificar /home
(incluindo a remoção de seu próprio diretório inicial), o rmdir
apenas acusa um erro "Permissão negada", quando chamado dessa forma.
Você pode confirmar isso com facilidade, tentando:
rmdir ~
que resultará em:
rmdir: failed to remove '/home/youruser': Permission denied