O problema que você enfrentará não está em seus Documentos ou Downloads ou em quaisquer pastas / diretórios que você normalmente vê e usa, mas nos diretórios ocultos de configuração de aplicativos em nível de usuário - todos esses diretórios como ~ / .mozilla etc. Confie em mim , Eu tentei isso (concedida, para sempre) e realmente bagunçou coisas como "o aplicativo para abrir o tipo de arquivo" preferências, material de ambiente de desktop, etc.
Com 2 distribuições muito semelhantes com as mesmas versões ou muito próximas do mesmo software, você pode não ter problemas. Talvez.
Eu usaria casas separadas, e se você mantivesse todos os seus arquivos de dados (mp3s, filmes, documentos do Word, etc) nas mesmas pastas em seu diretório pessoal, simplesmente monte as outras partições e use links para obter as mesmas coisas em cada um dos seus diretórios home.