Tecnicamente, para ignorar todos os espaços em branco, você pode passar as duas strings por tr :
[ "$(echo "$a" | tr -d '[:space:]')" = "$(echo "$b" | tr -d '[:space:]')" ]
No entanto, dessa forma, todos os espaços em branco são removidos antes da comparação, portanto, por exemplo, "a b" e "ab" serão testados como iguais. Não tenho certeza se isso é desejável. Você pode ajustar o filtro tr para fazer o que você precisa. Por exemplo, para remover apenas novas linhas de todos os tipos, você pode fazer tr -d '\n\r' .