Com o coreutils, você pode converter espaços em tabulações com tr
e, em seguida, converter tabulações em vários espaços com expand
:
$ tr ' ' '\t' < file | expand
0 1 2 3 4 1 0 0
1 2 3 5 0 1 0 0
As paradas de tabulação padrão são 8 espaços, mas você pode ajustar isso, por exemplo.
$ tr ' ' '\t' < file | expand -t 10
0 1 2 3 4 1 0 0
1 2 3 5 0 1 0 0