Que tal
awk '
BEGIN {FS="\n"; RS="\n\n+"}
{for (i=1;i<=NF;i++) a[i] = a[i] == ""? $i : a[i]"\t"$i; next}
END {for (i in a) print a[i]}
' file.ex
Teste:
awk '
> BEGIN {FS="\n"; RS="\n\n+"}
> {for (i=1;i<=NF;i++) a[i] = a[i] == ""? $i : a[i]"\t"$i; next}
> END {for (i in a) print a[i]}
> ' file.ex
efifc1a nhdw4s jfhg
hygg4a wesf3a gsfar
hdy5d fjfhyr
Se você não está preso ao uso do awk, pode fazê-lo usando autogen's columns
command e o comando transpose
descrito aqui Transpondo linhas e colunas
columns -c3 < file.ex | tr -s ' ' '\t' | transpose -t