É realmente com você.
O benefício de configurar as cadeias é que você vai separar os problemas de segurança que surgem entre as cadeias, além de facilitar a atualização e o gerenciamento deles separadamente, o que pode aumentar a confiabilidade.
A desvantagem de configurar as cadeias é claro que você tem que aprender, é um pouco de sobrecarga de gerenciamento, etc.
Pessoalmente, eu provavelmente configuraria uma cadeia para um proxy reverso nginx de front end em uma cadeia, em seguida, uma cadeia de servidores web separada para cada aplicativo da web. Dessa forma, um problema com um aplicativo da Web não afetaria os outros. Da mesma forma, o servidor de e-mail teria sua própria cadeia, assim como o MySQL.
Dê uma olhada no ezjail, isso facilitará a configuração das cadeias.