Seu primeiro problema é devido ao nohup tentar criar um arquivo chamado nohup.out. Primeiro ele tenta criar isso no diretório atual e, se falhar, tentará criá-lo em seu diretório inicial.
A partir da sua saída, parece que você não tem acesso de gravação a nenhum dos dois.
Tente executá-lo a partir de um diretório em que você tenha acesso de gravação (/ tmp se não conseguir encontrar um diretório melhor).
Para o seu segundo problema, repita aspas em torno do comando e dos parâmetros que você deseja executar. Por exemplo,
nohup 'sudo command par1 666 /home/me/...'