Caso o subsistema rpm funcione, você pode considerar fazer o seguinte: Verifique os pacotes yum e rpm-python
rpm -v --verify rpm-python
rpm -v --verify yum
Você pode tentar restaurar as permissões e o proprietário dos pacotes instalados
rpm --setugids {packagename}
rpm --setperms {packagename}
Ou reinstale manualmente a partir do espelho, assim:
rpm -i --force http://mirror.centos.org/centos-6/6.5/os/x86_64/Packages/rpm-python-4.8.0-37.el6.x86_64.rpm