Uma abordagem é usar um multiplexador de terminal apenas em máquinas remotas. Executar cada shell em um emulador de terminal separado tem a vantagem de poder colocar várias janelas do shell lado a lado. Em uma máquina remota, a resistência à desconexão é uma grande vitória que justifica os multiplexadores de terminais, mas, localmente, eles têm menos vantagens.
Se você quiser aninhar multiplexadores de terminal, usar chaves de prefixo diferentes localmente e remotamente seria a maneira mais fácil de lidar.