A atualização de um pacote irá alterar o que está em disco , mas não irá alterar o que está na memória . Você deve reiniciar o serviço para que a nova versão dos binários seja carregada.
Tudo bem, depende da aplicação. Será que vai tentar carregar dinamicamente uma biblioteca em algum momento que ainda não tenha? Essa biblioteca ainda existe? A biblioteca terá mudado de alguma forma e não funcionaria mais?
Se é algo (como o mysql) que você se importa, não consigo pensar em uma razão para não ser seguro e pará-lo antes de atualizar o pacote. Como a atualização não vai afetar o processo em execução até que seja reiniciado de qualquer maneira, não é como se você tivesse se poupado de ter que baixar o serviço.