Suponho que você queira usar um dos arquivos como um conjunto de padrões para grep . Se este for o caso, você parece estar procurando uma maneira de imprimir todas as linhas em um arquivo não encontrado no outro e é isso que você quer:
grep -vFf file_with_patterns other_file
Explicação
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-Fsignifica interpretar os padrões literalmente, não dando nenhum significado especial aos metacaracteres de expressão regular (como*e+, por exemplo) -
-fsignifica ler padrões de regex do arquivo chamado como argumento (file_with_patternsneste caso).