A chave Exec em um arquivo .desktop aceita apenas um nome de executável (+ argumentos):
The Exec key must contain a command line. A command line consists of an executable program optionally followed by one or more arguments.
Então, você também:
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invoca o shell com um
sh -c "command_string"explícito (ondecommand_string= seus comandos reais):Exec=sh -c "cd /home/abc/wikidpad; python WikidPad.py"
ou
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coloque seus comandos em um script (em algum lugar no seu
$PATH), torne-o executável e faça com que o arquivo.desktopexecute o script:Exec=my_script(ou
Exec=/full/path/to/my_scriptse o script não estiver no seu$PATH).