Ao usar o ecryptfs, você terá o mesmo arquivo aparecer duas vezes (não se preocupe, ele só existirá uma vez). No entanto, no seu caso, meu palpite é que somente o arquivo foi marcado como excluído (por exemplo, movido para a lixeira), mas não o contêiner - onde está o arquivo (realmente).
Para excluir o container, inicie o terminal e navegue até a pasta em que você excluiu a pasta. Digite
ls -lah
e você provavelmente verá uma pasta que terá o mesmo nome que a outra, mas começando com "." e terminando em _encfs. Esta é a pasta que você deseja excluir, o que você pode fazer com
rm -rf <foldername>
mas somente DEPOIS que você desmontou a pasta.