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Se for possível, não faça. Aguarde a disponibilização de um pacote atualizado.
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Se for necessário, então sim. Desinstale o pacote primeiro. Use remover em vez de limpar se você quiser reutilizar qualquer arquivo conf do pacote.
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Uma opção melhor, embora envolva mais trabalho, é criar seu próprio pacote local da versão mais recente. Muitas vezes, isso não é mais difícil do que descompactar o .tar.gz, copiando o subdiretório
debian/
do pacote de origem debian, atualizando o arquivodebian/changelog
e executandodpkg-buildpackage
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Caso contrário, procure em ferramentas como o armazenamento - ele pode fornecer alguns dos benefícios de um pacote ( como desinstalar fácil) para software compilado localmente.
A longo prazo, manter os pacotes causará o mínimo de trabalho. A execução de software descompactado é uma correção de curto prazo que parece ser uma boa ideia no momento, mas provavelmente causará problemas no futuro. Um sistema de embalagem é uma ferramenta fantástica - use-a, não a trate como um obstáculo a ser trabalhado.