O PuTTY possui seu próprio formato de arquivo de chave privada. Se você quiser usar um arquivo de chaves gerado pelo PuTTYgen, será necessário convertê-lo para o formato de chave OpenSSH (que é o padrão no Linux e em outros sistemas unix). Use o comando de exportação no PuTTYgen .
Você receberá um arquivo de chave, geralmente chamado de id_rsa (ou something.id_rsa se tiver várias chaves). Copie esse arquivo para o diretório ~/.ssh em sua máquina linux ( ~ é o seu diretório home). Se você chamar ~/.ssh/id_rsa , ele será selecionado automaticamente, senão você terá que configurar o ssh para usar a tecla certa ou para carregar a chave no seu agente, ambos um pouco mais complicados (e eu só sabe como fazer isso a partir da linha de comando). Certifique-se de que as permissões do diretório ~/.ssh e do arquivo id_rsa sejam apropriadas: ~/.ssh deve ser gravável somente por você (e deve ser legível somente por você); ~/.ssh/id_rsa deve ser legível e gravável apenas por você.
O equivalente em Linux do Pageant é ssh-agent ou algum outro programa de chaveiro, mas não é isso que você precisa aqui.