A fusão deles funcionará bem.
O Cygwin propriamente dito não armazena nada em seu diretório HOME. Na primeira execução do Cygwin com um novo diretório inicial, as versões padrão de .bash_profile
e tais são colocadas lá, mas novamente, não há conflito com as coisas que já foram colocadas lá.
Eu também acho conveniente usar o Cygwin em coisas que vivem sob o diretório de perfil do Windows. No entanto, eu não quero que os dois sejam os mesmos [*], então eu só faço um link simbólico para ele no meu diretório pessoal. Eu nunca estou mais longe do meu diretório de perfil do Windows do que um cd ~/WinHome
.
[*] Muitos programas se sentem privilegiados em lançar lixo aleatório no diretório de perfis do Windows, o que me irritaria vê-lo sempre que disser ls
em meu diretório pessoal. Eu prefiro manter essa bagunça no comprimento do braço. Eu sinto que meu diretório home deve ser meu . Estou feliz em deixar ~/WinHome
ser um midden.