Você deve tornar o arquivo legível para copiá-lo. Isso não está relacionado à escolha da ferramenta: todo programa não conseguirá abrir o arquivo para leitura, pois você não tem permissão para lê-lo.
Se as ACLs estiverem ativadas (com ext2 / ext3 / ext4, isso requer a opção de montagem acl
) e você não tem interesse em copiá-los, adicione uma ACL que permita ao usuário fazer a cópia ler o arquivo.
setfacl -R -m u:username:rX sourcedirectory
Caso contrário, você terá que alterar as permissões do arquivo antecipadamente e restaurá-las (em ambos os lados) depois, ou fazer a cópia como root.