No meu sistema debian, verifiquei que:
- O DNS resolve os registros ipv4 A e ipv6 AAAA do espelho debian que eu uso (confirmado com o comando "dig", com o DNS padrão armazenado em resolv.conf)
- ao tentar baixar o mesmo URL que o apt-get, o wget é bem-sucedido
/etc/apt/source.list
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O único trabalho que encontrei: substituindo os nomes DNS do espelho debian pelos endereços ipv4 ou ipv6 diretamente no source.list
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