o xpad usa o gtk (o mesmo acontece com o sticky-notes), xpostit não requer nem o GTK nem o KDE. Provavelmente há mais disponíveis.
Você examinou o Gnote ? É uma porta C ++ de Tomboy e geralmente tem melhor desempenho. O próprio Tomboy é escrito em C #, portanto requer o tempo de execução Mono. O Gnote foi capaz de substituir completamente o Tomboy por mim e fiquei mais do que feliz em remover o Mono. Você não disse se os aplicativos do GNOME eram aceitáveis, mas independente disso, ele tem quase zero dependências do GNOME.