Seu arquivo está terminando em (Windows) CR LF
em vez de (Unix) LF
.
O caractere CR
move a linha para o início e, em seguida, o valor da nova coluna calculada é impresso sobre a primeira coluna.
Use dos2unix
ou filtre o arquivo com tr -d '\r'
ou simplesmente use:
awk 'NR>2 { gsub(/\r/,""); print $1,$2,$3,$4,$4-$3 } NR>12{exit}' file
remova o último NR>12{exit}
para processar o arquivo inteiro.