Sim, use >> em vez de > .
Por exemplo:
awk -F, '$1 == "OPTSTK" && $13 > 0 { print >> "stockoptions.csv" }' fo1.csv fo2.csv
Ou, deixe o shell fazer o redirecionamento e cortar o comprimento do comando awk :
awk -F, '$1 == "OPTSTK" && $13 > 0' fo1.csv fo2.csv >>"stockoptions.csv"