A arquitetura principal do sistema é a arquitetura do pacote dpkg . Essa também é a arquitetura padrão dos pacotes recém-instalados, o que, na minha opinião, é o que você tem interesse.
Como você descobriu, apt acaba resolvendo dependências de forma que todos os pacotes essenciais precisam ser aqueles que correspondem à arquitetura principal.
Para resolver essa situação, mantendo i386 como sua arquitetura principal, você terá que instalar manualmente todos os pacotes i386 essenciais. Você pode conseguir que apt o ajude, alternando de volta para amd64 temporariamente; então aptitude search '~i~E' listará todos os pacotes essenciais e você poderá manipulá-los para baixar todos eles. Se você já tem alguns pacotes i386 essenciais instalados, isso pode não funcionar e você terá que baixar tudo manualmente ...