Acabei de encontrar esse problema também. Eu suspeito que o udev carrega tão cedo no processo de inicialização que apenas a partição raiz está disponível, antes de /home
ter sido montado. Então, quando o udev carrega, seus links simbólicos aparecem quebrados, pois os arquivos de destino ainda não existem.
Eu acho que uma solução é recarregar a configuração do udev após a partição ter sido montada, mas isso não aplicará nenhuma nova regra ao hardware que já foi detectado.
A melhor solução (se você precisa das regras para aplicar ao hardware presente durante a inicialização) é provavelmente descobrir outra maneira de aplicar as regras, como usar o rsync para copiá-las em /etc/udev/rules.d/
e esquecer os links simbólicos.