Veja em qual processo o arquivo foi aberto com lsof /var/lib/dpkg/lock
ou fuser /var/lib/dpkg/lock
.
Provavelmente, é o serviço apt-daily, que normalmente é executado uma vez por dia para executar apt-get update
e notificar o usuário sobre as atualizações disponíveis. Se você não gostar disso, consulte Como desabilitar o 'apt-daily.service' na imagem da VM em nuvem do Ubuntu?