As entradas na área de trabalho precisam de pelo menos duas chaves : Type e Name . Tente adicionar Type=Application ao seu arquivo .desktop .
A propósito, pode não ser o seu caso, mas se o programa que você está tentando executar não tem uma GUI, então pode parecer que ele nunca é executado, mas se você der uma olhada em algum programa como top ou gnome-system-monitor o processo estará lá.