Como Mark Plotnick e A.B mencionam em seus comentários, metadados são informações armazenadas no diretório listando sobre o número de arquivos, seus nomes e números de inodes. Esse tipo de informação é cumulativo e se acumula ao longo do tempo se o diretório contiver um grande número de arquivos ou outros diretórios. O armazenamento usado é relativamente pequeno, considerando os discos gigantescos e geralmente está na faixa 4Kbyte - 4Mbytes em operação normal. Os diretórios ocupados terão mais como é observado na pergunta. Alguns bons links para aprender mais sobre a organização do sistema de arquivos Linux incluem: