Você só precisa bloquear o que o banco de dados usa.
A questão mais interessante pode ser como isso é feito.
iptables -F INPUT # deletes all rules
iptables -A INPUT -m conntrack --ctstate RELATED,ESTABLISHED -j ACCEPT
: maybe allow other services here
iptables -A INPUT -s $allowed_source_address -p tcp --dport 27017 -j ACCEPT
iptables -A INPUT -j DROP
Isso bloquearia todas as novas conexões de entrada, exceto aquelas do IP permitido para o banco de dados.
bloqueando somente o banco de dados
iptables -F INPUT # deletes all rules
iptables -A INPUT -m conntrack --ctstate RELATED,ESTABLISHED -j ACCEPT
iptables -A INPUT -s $allowed_source_address -p tcp --dport 27017 -j ACCEPT
iptables -A INPUT -p tcp --dport 27017 -j DROP