Você tem alguma experiência em particionamento manual durante uma instalação de distribuição Linux? Se sim, qual é o problema? Basta escolher manual e definir para formatar e reutilizar a partição /.
Se você especificar qual distro vai instalar, posso ser mais preciso nas instruções e, talvez, fornecer uma espécie de guia ou como.
Lembre-se do nó do dispositivo para poder reinstalar o grub no final da instalação.
Apenas para responder melhor à sua pergunta: "quais são as precauções ...".
Tenha vários backups comprovados e confiáveis!
Editar # 1 fóruns debian dê uma olhada na primeira resposta de paivakil. É tudo que você precisa fazer, mesmo que seja um post antigo. A configuração da Debian não mudou nesta parte.
Editar # 2 Por favor, tome o manual do Debian como melhor referência, no capítulo "Particionamento manual". Você precisa encontrar a partição / onde você instalou o Kali e configurar o particionador manual da seguinte maneira:
- formata a partição (opcionalmente muda o fs etc)
- ponto de montagem /
Em seguida, vá para a partição / home e apenas configure o ponto de montagem / home. Deixe a partição inicial inalterada. Deixe as partições do Windows inalteradas.
Se você fizer algo errado com o particionador, não entre em pânico! Você não danificou nada até que você faça "Salvar alterações nos discos".