O servidor SFTP padrão do Debian 9 é fornecido pelo servidor ssh do OpenSSH sshd . Para desativá-lo, digite sudo systemctl stop sshd && sudo systemctl disable sshd . No entanto, se você fizer isso, você também estará desativando o seu servidor SSH. O FTP e o SFTP são dois protocolos diferentes e devem poder existir na mesma máquina em portas separadas.
EDIT: comentário do Jeff na minha resposta também é uma boa sugestão para desativar mais especificamente SFTP. Em /etc/ssh/sshd_config desative a linha Subsystem sftp /usr/lib/openssh/sftp-server colocando um # (sinal de hash) na frente dela assim, # Subsystem sftp /usr/lib/openssh/sftp-server .