Honestamente, não sei por que alguém fez sua pergunta. Eu enfrentei o mesmo problema agora e acho que resolvi isso.
Os comandos apt- * estão realmente funcionando, mas há uma pequena falha aqui. Provavelmente o seu /etc/apt/sources.list está vazio também, assim como a minha instalação.
Eu criei um disco flash inicializável com o Rufus, mas como ele usa a imagem ISO como padrão ao invés do DD, Kali detectou o disco flash como um CD. Eu desconectei e liguei o flash para resolver este problema. Talvez você tenha gostado, porque há fontes comentadas no arquivo sources.list que inclui linhas com "[CD-ROM]".
Se este for o caso, aqui está sua solução. Apenas cole a linha abaixo, no topo do seu arquivo /etc/apt/sources.list e tente os comandos apt- * novamente.
deb http://http.kali.org/kali kali-rolling main contrib non-free
Espero que ajude!