Como você está marcando com tcsh :
set project = $cwd:h:h:t:q
Definiria $project como o final do cabeçalho do diretório atual (ou nome de base do nome do dirname). :q cita o texto resultante para que não sejam feitas mais expansões (como divisão ou globbing).
pwd é o comando para imprimir o diretório de trabalho atual. Esse comando não é interno tcsh . O diretório de trabalho atual é (sem surpresa, ou pelo menos menos surpreendente que com ksh $PWD ) na variável $cwd em tcsh .