Eu acho que yum é muito conservador para fazer o que você quer. Para melhores resultados, você também deve estar preparado para usar alguns comandos rpm.
isto irá limpar todos os arquivos que o rpm (ergo yum) know / trust pertence ao pacote fail2ban.
rpm -e --justdb --nodeps fail2ban
Depois disso, você pode remover / mover seus arquivos / etc e o yum irá reinstalar.
Todo o magic yum / rpm que está fazendo com arquivos de configuração está no arquivo de especificação do RPM em linhas com o prefixo "% config (noreplace)" com a macro "% {_sysconfdir}", que significa '/ etc' no seu caso . Apenas tire tudo isso do caminho, e o rpm irá instalar todos os seus arquivos de configuração padrão.
%config(noreplace) %{_sysconfdir}/fail2ban
%config(noreplace) %{_sysconfdir}/logrotate.d/fail2ban
%config(noreplace) %{_sysconfdir}/fail2ban/jail.d/00-firewalld.conf
%config(noreplace) %{_sysconfdir}/fail2ban/action.d/hostsdeny.conf
%config(noreplace) %{_sysconfdir}/fail2ban/action.d/complain.conf
%config(noreplace) %{_sysconfdir}/fail2ban/action.d/mail-*.conf
%config(noreplace) %{_sysconfdir}/fail2ban/action.d/sendmail-*.conf
%config(noreplace) %{_sysconfdir}/fail2ban/action.d/shorewall.conf
%config(noreplace) %{_sysconfdir}/fail2ban/jail.d/00-systemd.conf
Dê uma olhada por si mesmo:
curl 'http://pkgs.fedoraproject.org/cgit/rpms/fail2ban.git/plain/fail2ban.spec?h=epel7' |
grep '^%config(noreplace)'