O problema foi, na verdade, como o paralelismo foi instalado na máquina remota (executando o mais novo Ubuntu). Eu encontrei um tópico resolvendo meu problema:
Execute sudo rm /etc/parallel/config
após a instalação no Ubuntu para se livrar da configuração que causou minhas mensagens de erro.
O comando que uso para executar meu script python com entradas diferentes em paralelo é: parallel -j 100% python3 main.py ::: inputs*
No entanto, obrigado a todos que ajudaram!