Na maioria dos casos, o tipo de partição é apenas um detalhe. Conseguir esse detalhe errado pode tornar seu sistema não inicializável, mas ele não tem nenhum impacto quando o sistema estiver em funcionamento. Portanto, a opção mais segura é deixar o gerenciador de inicialização ter o que deseja. Seu UEFI BIOS quer GPT, deixe-o com GPT (e você precisa de GPT em discos grandes de qualquer maneira).
Basta criar partições GPT com o mesmo tamanho ou maior que cada uma das partições existentes, com o mesmo número de partição. Tenha cuidado com os tamanhos, a nova partição deve ser pelo menos tão grande, não se misture entre unidades SI (baseadas em 1000) e binárias (baseadas em 1024). Em seguida, copie cada partição individualmente:
cat /dev/sdo1 >/dev/sdn1
cat /dev/sdo2 >/dev/sdn2
cat /dev/sdo3 >/dev/sdn3
(Substitua sdo e sdn pelos nomes apropriados para suas unidades antigas e novas. Certifique-se de não trocá-las! Verifique com file -s /dev/sdn1 que o destino ainda não contém um sistema de arquivos.)
Instale o carregador de inicialização do Linux na nova unidade, por exemplo grub-install /dev/sdn (você pode inicializar o Linux diretamente do EFI, mas eu não o recomendo porque é menos flexível se você quiser passar opções, rodar o memtest, etc.). Você não precisa alterar nenhum arquivo de configuração do Linux se continuar usando os mesmos números de partição.