O comando ip route del
não parece errado para mim. Se não funcionar, você precisa especificar todas as propriedades ou a rota (ou seja, tudo que ip route show
imprime, incluindo 'métrica' e 'proto') ou você pode se safar disso omitindo a 'via' parte.
De qualquer forma, se você fizer isso, o NetworkManager poderá restaurar a rota mais tarde e certamente a restaurará ao reativar a conexão do OpenVPN.
Provavelmente, você deveria fazer
nmcli connection modify $OVPN_CONN_NAME ipv4.never-default yes
Veja man nm-settings
.