Encontrei duas respostas para o problema proposto:
O primeiro proposto por @steeldriver:
tr -s ' ' '\n' < file | pr -3t
E o segundo, eu encontrei em outra discussão sobre transpor elementos da matriz:
awk '
{
for (i=1; i<=NF; i++) {
a[NR,i] = $i
}
}
NF>p { p = NF }
END {
for(j=1; j<=p; j++) {
str=a[1,j]
for(i=2; i<=NR; i++){
str=str" "a[i,j];
}
print str
}
}' file