Você deve usar a ferramenta unhide-tcp :
unhide-tcp is a forensic tool that identifies TCP/UDP ports that are listening but are not listed in /bin/netstat through brute forcing of all TCP/UDP ports available.
Para instalá-lo, abra o terminal e digite o comando follwing:
sudo apt-get install unhide
Para verificar a execução:
unhide-tcp
Why doesn't nmap show all open ports?
A pergunta indica que a opção -p-
é usada. Então deve ter outro motivo.