Observe que, apesar do nome, o vsftpd NÃO é um servidor SFTP, é um servidor de protocolo FTP antigo. SFTP é normalmente tratado pelo daemon ssh. Portanto, qualquer alteração de configuração que você fizer no vsftpd não afetará as transferências de SFTP.
O arquivo será de propriedade de quem enviou o arquivo. Você pode querer verificar as opções do seu cliente SFTP para preservação de propriedade e permissão (WinSCP no seu caso).
(estou apenas reformatando os comentários como resposta).