com awk
awk 'FNR==NR{
a[">"$1]=$2;next
}
$1 in a{
sub(/>/,">"a[$1]"|",$1)
}1' file2 seq.fa
Obtenha o valor scaf do arquivo2 e salve-o em uma matriz a
com índice ">"$1
.
Se $1
de seq.fa for um índice no array a
substitua o $1
para incluir o valor scaf a[$1]
após >
.
Em seguida, imprima todas as linhas em seq.fa