Muito simples ... não separe mais / e /usr . É uma dor de cabeça sem sentido. Se você tiver uma partição para tudo, / será um sistema de arquivos quase vazio. Mesclá-los em um.
Exemplo para mesclar / em /usr :
mount /dev/sda1 /mnt/root
mount /dev/sda2 /mnt/usr
cp -a /mnt/root/usr /mnt/usr/usr
mv /mnt/usr/* /mnt/usr/usr/
cp -a /mnt/root/. /mnt/usr/.
Por fim, altere o cmdline para root=/dev/sda2 . Não se esqueça de adaptar seu /etc/fstab de acordo.