Primeira alternativa: use qpdf
. Está no sistema básico do CentOS 7.
# yum install qpdf
$ qpdf --encrypt user-password owner-password 40 -- file1.pdf file2.pdf
Isso levará file1.pdf como entrada, atribuirá senhas de usuário e proprietário, um comprimento de chave de 40 (valores válidos são 40, 128 ou 256) e exportará os dados criptografados para file2.pdf
Para "desbloquear" arquivos pdf:
$ qpdf --decrypt --password=password locked.pdf unlocked.pdf
Você pode encontrar aqui mais opções de criptografia qpdf
Segunda alternativa: Existe a possibilidade de usar qualquer ferramenta geral de criptografia de arquivos purpouse. Você pode encontrar um documento bem explicado sobre alguns deles aqui .