Tem certeza de que o arquivo está vazio? Você recebe um tamanho de arquivo de 0 com este comando?
ls -la /etc/apt/sources.list
Deve haver uma cópia (da sua distribuição) aqui:
/usr/share/doc/apt/examples/sources.list
E, supondo que você esteja usando a distribuição do jessie, você poderia escrever esta linha para o sources.list, para começar a trabalhar:
deb http://ftp.us.debian.org/debian/ jessie main contrib non-free
Em seguida, basta fazer apt-get update
para obter uma lista básica de pacotes. Depois disso, tenha muito cuidado com o que você instala até que suas fontes sejam classificadas.
É melhor você usar o Synaptic para reinstalar o apt. Se não estiver disponível, faça:
sudo apt-get install --reinstall apt
Tenha cuidado !!